Feilorienterte contigs er til stede i referansegenom med signifikante hastigheter (eks. 1% i musens referansegenom). Strand-seq, mens konvensjonelle sekvenseringsmetoder, kan avdekke disse feilorienteringene. Feilorienterte contigs er til stede der strengarv endres fra en homozygot tilstand til en annen (eks. WW til CC, eller CC til WW). I tillegg er denne tilstandsendringen synlig i hvert Strand-seq-bibliotek, noe som styrker tilstedeværelsen av en feilorientert kontig.
Identifisere ikke-tilfeldig segregering av søsterkromatider
Før 1960-tallet ble det antatt at søsterkromatider ble adskilt tilfeldig i datterceller. Imidlertid har ikke-tilfeldig segregering av søsterkromatider blitt observert i pattedyrceller siden den gang. Det er foreslått noen få hypoteser for å forklare den ikke-tilfeldige segregeringen, inkludert Immortal Strand-postulatet og Silent Sister-postulatet, hvorav en forhåpentligvis kan verifiseres ved metoder som involverer Strand-seq.
'' Udødelig strandhypotese ''
Bilde 263A | Utgangen fra BAIT, som viser teller for både Watson (W, grønn) og Crick (C, blå) tråder. Hver oppleste linje viser antall analyser justert til en bestemt 200 kb bin i referansegenomet. Herfra konkluderes arver med foreldrenes malstreng. Slik som om begge kopiene av et 200 kb kromosomalt segment i dattercellen ble syntetisert fra Watson-malstrenger i overordnede celler, vil dette bli representert av en stor grønn søyle som indikerer rent W-innretting i det kromosomale området. I tillegg tolkes vekslinger mellom homozygote og heterozygote tilstander med malstrengarving som søsterkromatidutveksling (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Forfatter : Yavor Mendel
Kommentarer
Legg inn en kommentar