Strand-seq ble opprinnelig foreslått som et verktøy for å avsløre søsterkromatidbørser. Å være en handling som er lokalisert til individuelle celler, DNA sekvensering av mer enn en celle vil absolutt spre disse effektene og antyder et fravær av SCE-hendelser. I tillegg er klassiske enkeltcelle-sekvenseringsteknikker ikke i stand til å vise disse hendelsene på grunn av heterogen forsterkningsforspenning og informasjon om dobbeltstrengssammenhenger, noe som nødvendiggjør Strand-seq. Ved å bruke informasjonen om referansejustering, kan forskere avsløre en SCE hvis retningen av en arvet malstreng endres.
Identifisere feilorienterte contigs
Feilorienterte contigs er til stede i referansegenom med signifikante hastigheter (eks. 1% i musens referansegenom). Strand-seq, mens konvensjonelle sekvenseringsmetoder, kan avdekke disse feilorienteringene. Feilorienterte contigs er til stede der strengarv endres fra en homozygot tilstand til en annen (eks. WW til CC, eller CC til WW). I tillegg er denne tilstandsendringen synlig i hvert Strand-seq-bibliotek, noe som styrker tilstedeværelsen av en feilorientert kontig.
Bilde 263A | Utgangen fra BAIT, som viser teller for både Watson (W, grønn) og Crick (C, blå) tråder. Hver oppleste linje viser antall analyser justert til en bestemt 200 kb bin i referansegenomet. Herfra konkluderes arver med foreldrenes malstreng. Slik som om begge kopiene av et 200 kb kromosomalt segment i dattercellen ble syntetisert fra Watson-malstrenger i overordnede celler, vil dette bli representert av en stor grønn søyle som indikerer rent W-innretting i det kromosomale området. I tillegg tolkes vekslinger mellom homozygote og heterozygote tilstander med malstrengarving som søsterkromatidutveksling (SCE). | Maia.smith / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Bioinformatic_Analysis_of_Inherited_Templates_(BAIT)_Output.png) from Wikimedia Commons
Forfatter : Yavor Mendel
Kommentarer
Legg inn en kommentar