SMRT-sekvensering er basert på sekvensering ved syntese å være tilgjengelig. Den DNA er syntetisert i null-modus bølgeføringer (ZMWs) - liten brønnlignende beholdere med fangeverktøy plassert ved bunnen av brønnen. Sekvenseringen utføres ved bruk av umodifisert polymerase (festet til ZMW-bunnen) og fluorescerende merkede nukleotider som strømmer fritt i løsningen. Brønnene er konstruert på en måte som bare fluorescensen som oppstår ved bunnen av brønnen blir oppdaget. Den fluorescerende etiketten løsnes fra nukleotidet etter inkorporering i DNA -strengen, og etterlater en umodifisert DNA Strand. I følge Pacific Biosciences (PacBio), SMRT-teknologiutvikleren, tillater denne metodikken påvisning av nukleotidmodifikasjoner (for eksempel cytosinmetylering). Dette skjer gjennom bemerkningen om polymerasekinetikk. Dette er tilgjengelig, gjør det mulig å analysere 20 000 nukleotider eller mer, med en gjennomsnittlig leselengde på 5 kilobase. I 2015 kunngjorde Pacific Biosciences lanseringen av et nytt sekvenseringsinstrument kalt Sequel System, med 1 million ZMWs sammenlignet med 150 000 ZMWs i PacBio RS II instrumentet. SMRT-sekvensering blir referert til som "tredje generasjon" eller "lenge lest" -sekvensering.
Bilde 151A | Flere, fragmenterte sammenkjøringsanalyser må settes sammen på grunnlag av deres overlappende områder. | Suspencewl / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mapping_Reads.png) fra Wikimedia Commons
Forfatter : Milos Pawlowski
Kommentarer
Legg inn en kommentar