Forskjell mellom snRNA-seq og scRNA-seq

SnRNA-seq bruker isolerte kjerner snarere hele cellene for å profilere genuttrykksform. Det vil si at scRNA-seq måler både cytoplasmatiske og nukleære transkripsjoner, på den annen side snRNA-seq måler naturlig kjernefysiske transkripsjoner (selv om noen transkriptsstyrke er knyttet til det grove endoplasmatiske reticulum og delvis bevart i kjernefysiske preps). Dette gjør det mulig for snRNA-seq å fortsette bare kjernen og ikke hele cellen. Av denne grunn, sammenlignet med scRNA-seq, er snRNA-Seq mer passende for å profilere genuttrykksform i celler som er vanskelige å isolere (f

.eks. Adipocytter, nevroner), i tillegg som konserverte vev.

I tillegg kan kjernene som kreves for snRNA-seq oppnås raskt og enkelt fra ferske, lett fikserte eller frosne vev, mens isolering av enkeltceller for enkeltcelle RNA-sekvens( scRNA-seq) innebærer utvidede inkubasjoner og prosessering. Dette gir forskerne dyktighet til å oppnå transkriptomer som ikke er like forstyrrede under isolasjon.

Bilde 271A | Grunnleggende snRNA-Seq-eksperimenter som ikke bruker en DroNC-Seq-arbeidsflyt, ville følge en protokoll som ligner på denne | Simkrai / Attribution-Share Alike 4.0 International | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Basic_snRNA-Seq_Workflow.png) from Wikimedia Commons

Forfatter : Yavor Mendel

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker II

Teknikker for molekylærbiologi VI