Gjennomgang av markørgen kan påvirkes av primervalget; i denne typen undersøkels

Gjennomgang av markørgen kan påvirkes av primervalget; i denne typen undersøkelse er det ønskelig å bruke en godt validert protokoll (for eksempel den som brukes i Earth Microbiome Project). Den første tingen å gjøre i en markørgenamplicon-kontroll er å fjerne sekvenseringsfeil; mange sekvenseringsplattformer er veldig pålitelige, men det meste av det tilsynelatende sekvensmangfoldet er ennå av den grunn at feil under sekvenseringshandlingen. For å redusere dette fenomenet en første trekning i nærheten er å klynge sekvenser inn i operativ taksonomisk enhet (OTUer): denne handlingen konsoliderer lignende sekvenser (en 97% likhetsterskel er ofte vedtatt) til et enkelt aspekt som kan brukes i videre kontrollstrinn; denne operasjonen ville likevel kaste SNP-er med den begrunnelse at de ville bli gruppert i en enkelt OTU. Andre trekkplaster nær er Oligotyping,som inkluderer posisjonsspesifikk informasjon fra 16s rRNA-sekvensering for å avdekke små nukleotidvariasjoner og fra å diskriminere mellom nært beslektede ulik taxa. Disse metodene gir som en utgave en tabell med DNA sekvenser og tellinger av de forskjellige sekvensene per prøve i stedet for OTU.

Bilde 331A | Flytskjema som illustrerer hvordan det menneskelige mikrobiomet studeres på DNA nivå. | Axtian / Attribution-Share Alike 3.0 Unported | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Microbiome_analysis_flowchart.png) fra Wikimedia Commons

Forfatter : Rogers Nilstrem

Referanser:

Medisinsk mikrobiologi I: patogener og humant mikrobiom

Klinisk medisinsk mikrobiologi