Siden eukaryotiske genomer inneholder mange gjentatte sammenføyninger( DNA), er lengden på analysene den produserer en viktig begrensning i denne klassen av sekvenseringsmetoder. Kort fortalt fungerer andre generasjons sekvensering ved først å amplifisere DNA molekylet og deretter gjennomføre sekvensering ved syntese. Det kollektive fluorescerende signalet som følge av syntese av et stort antall forsterkede identiske DNA -strenger tillater inferensen av nukleotididentitet. Uansett, på grunn av tilfeldige feil, ville DNA syntese mellom de forsterkede DNA -strengene gradvis bli synkronisert. Raskt forringes signalkvaliteten etter hvert som leselengden vokser. I regulering for å bevare DNA lesekvalitet, lenge DNA molekyler må brytes opp i små segmenter, noe som resulterer i en kritisk begrensning av andre generasjons sekvenseringsteknologier. Beregningsinnsats som tar sikte på å overvinne denne utfordringen er ofte avhengig av tilnærmelsesmessige heuristikker som kanskje ikke blir tilfredsstillende i nøyaktige samlinger.
Bilde 153A | Sekvensering av TAGGCT-malen med IonTorrent, PacBioRS og GridION | Philippe Hupé / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:From_second_to_fourth-generation_sequencing,_illustration_on_TAGGCT_template.svg) fra Wikimedia Commons
Forfatter : Milos Pawlowski
Kommentarer
Legg inn en kommentar