Arbeidsflyt for et ChIP-on-chip eksperiment

Fra og med et biologisk spørsmål, kan et ChIP-on-chip -eksperiment deles inn i tre hovedtrinn: Det første er å sette opp og opprette eksperimentet ved å velge riktig array og sondetype. For det andre utføres selve eksperimentet i våtlaboratoriet. Til slutt, under tørrlaboratoriet av syklusen, blir innsamlede data analysert for å enten svare på det første spørsmålet eller føre til nye spørsmål slik at syklusen kan starte på nytt.

Våt-lab-del av arbeidsflyten

I det første trinnet er proteinet av interesse (POI) tverrbundet med DNA stedet det binder seg til i et in vitro-miljø. Vanligvis gjøres dette ved en skånsom formaldehydfiksering som er reversibel med varme.

Deretter DNA lysiseres cellene og DNA skjæres ved sonikering eller ved bruk av mikrokokk-nuklease. Dette resulterer i dobbeltstrengede biter av DNA fragmenter, naturlig 1 kb eller mindre i lengde. De som ble tverrbundet til POI danner et POI-DNA complex .

Bilde 127A | Arbeidsflytoversikt over et ChIP-on-chip eksperiment. | Zirguezi / CC0 | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ChIP-on-chip_workflow_overview.svg) fra Wikimedia Commons

Forfatter : Milos Pawlowski

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker I

Teknikker for molekylærbiologi II