Rhee og Pugh introduserer ChIP-exo ved å utføre analyser på en liten samling kop

Rhee og Pugh introduserer ChIP-exo ved å utføre analyser på en liten samling kopieringsfaktorer: Reb1, Gal4, Phd1, Rap1 i gjær og CTCF hos mennesker. Reb1-steder ble ofte funnet i klynger, og disse klyngene hadde ~ ti ganger høyere belegg enn forventet. Sekundære steder i klynger ble funnet ~ 40 bp fra et primært bindingssete. Bindende motiv av Gal4 viste en sterk preferanse for tre av de fire nukleotidene, noe som antydet en negativ interaksjon mellom Gal4 og det ekskluderte nukleotid. Phd1 gjenkjenner tre unike motiver som forklarer tidligere rapporter om tvetydigheten i Phd1s binding motif

. Rap1 ble funnet å finne fire motiver. Ribosomale proteingener bundet av dette proteinet hadde en tendens til å bruke en spesiell motif med sterkere konsensuskonsentrasjon. Andre gener brukte ofte klynger med svakere konsensusmotiver, muligens for å oppnå et lignende belegg. Bindende motiv av CTCF benyttet fire "moduler". Halvparten av de innbundne CTCF nettstedene brukte modul 1 og 2, mens resten brukte en kombinasjon av de fire. Det antas at CTCF bruker sine fingre for å finne like kombinasjoner av disse modulene.

Bilde 126A | ChIP-exo arbeidsflyt | Kathleen Byatte / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ChIP-exo_process_diagram.pdf) fra Wikimedia Commons

Forfatter : Milos Pawlowski

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker I

Teknikker for molekylærbiologi II