Kombinert analyse av bisulfitbegrensning

Kombinert undersøkelse av bisulfittbegrensning (eller COBRA) er en molekylærbiologiteknikk som gjør det mulig for sensitiv kvantifisering av DNA metyleringsnivåer ved en spesifikk genomisk locus på en DNA sammenheng i en liten prøve av genomisk DNA. Teknikken er en variant av bisulfitesekvensering, og kombinerer bisulfittkonverteringsbasert polymerasekjedereaksjon med begrensningsfordøyelse. Opprinnelig utviklet for å pålitelig håndtere små mengder genomisk DNA fra mikrodissekterte parafin-innebygde vevsprøver, har teknikken siden sett utbredt bruk i kreftforskning og epigenetiske studier.

Bilde 137A | De første få trinnene i COBRA, og de molekylære endringene forårsaket av hvert trinn til metylerte og umetylerte CpG-steder. | Jujubix / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Cobra_workflow.svg) fra Wikimedia Commons

Fortsetter

Bisulfittbehandling

Genomisk DNA av interesse blir behandlet med natriumbisulfitt, som introduserer metyleringsavhengige sammenbindingsforskjeller. Under natriumbisulfittbehandling blir umetylerte cytosinrester omdannet til uracil, mens metylerte cytosinrester ikke påvirkes.

Bilde 137A | De første få trinnene i COBRA, og de molekylære endringene forårsaket av hvert trinn til metylerte og umetylerte CpG-steder. | Jujubix / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Cobra_workflow.svg) fra Wikimedia Commons

Forfatter : Milos Pawlowski

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker I

Teknikker for molekylærbiologi II