MNase-seq er en av fire hovedmetoder (DNase-seq, MNase-seq, FAIRE-seq, og ATAC-seq) for mer direkte bestemmelse av kromatintilgjengelighet og de påfølgende konsekvensene for genuttrykksform. Alle fire teknikkene er i kontrast til ChIP-seq, som er avhengig av slutningen om at visse merker på histone haler er tegn på genaktivering eller represjon, ikke direkte vurderer nukleosomposisjonering, men i stedet for å være verdifulle for vurderingen av histone modifiserende enzymatisk tjeneste.
DNase-seq
Som med MNase-seq ble DNase-seq utviklet ved å kombinere en eksisterende DNA endonuklease med Next-Generation-sekvenseringsteknologi for å analysere kromatintilgjengelighet. Begge teknikkene har blitt brukt på tvers av flere eukaryoter for å fastslå informasjon om nukleosomposisjonering i de respektive organismer, og begge er avhengige av det samme prinsippet om å fordøye åpen DNA for å isolere ~ 140 bp bånd av DNA fra nukleosomer eller kortere bånd hvis man konstaterer kopieringsfaktorinformasjon. Begge teknikkene er nylig optimalisert for enkeltcelle-sekvensering, noe som korrigerer for en av de største ulempene ved begge teknikker; det er kravet for høy celleinngang.
Bilde 218A | Tekniske anvendelser av MNase i sekvensering | Omerriya / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MNASE_application.png) from Wikimedia Commons
Forfatter : Milos Pawlowski
Kommentarer
Legg inn en kommentar