Parametere hentet fra spekteret, naturlig NOESY tverrtopper og koblingskonstante

Parametere hentet fra spekteret, naturlig NOESY tverrtopper og koblingskonstanter, kan brukes til å bestemme lokale strukturelle trekk, for eksempel glykosidbindingsvinkler, dihedrale vinkler (ved bruk av Karplus-ligningen) og sukkerpuckerkonformasjoner. For storskala konstitusjon, må disse lokale parametrene suppleres med en annen strukturell forutsetning eller modeller, på grunn av feil legge opp ettersom dobbelt helix er krysset, og i motsetning til med proteiner, har ikke dobbeltspiralen et kompakt interiør og har ikke fold tilbake på seg selv. NMR er dessuten nyttig for å undersøke ikke-standardiserte geometrier, for eksempel bøyde helikser, ikke-Watson – Crick baseparing og koaksial stabling. Det har vært grunnleggende nyttig i sonderingen av det naturlige RNA oligonukleotider, som har en tendens til å ta i bruk complex -konformasjoner, for eksempel stengeløkker og pseudoknoter. NMR er dessuten nyttig for å undersøke bindingen av nukleinsyremolekyler til et annet molekyl, for eksempel proteiner eller medikamenter, ved å se hvilke resonanser som forskyves ved binding av det andre molekylet.

Bilde 225A | Kapillær blotting systemoppsett for overføring av RNA fra en electrophoresis gel til en blotting membran. | RNA405 / Public domain | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Capillary_blot_setup.svg) from Wikimedia Commons

Forfatter : Milos Pawlowski

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker II

Teknikker for molekylærbiologi V