Community fingerprinting er et sett med molekylærbiologiteknikker som kan brukes

Community fingerprinting er et sett med molekylærbiologiteknikker som kan brukes til å raskt profilere mangfoldet i et mikrobielt samfunn. I stedet for direkte å identifisere eller telle individuelle celler i en miljøprøve, viser disse teknikkene hvor mange varianter av et gen som er til stede. I en bredere sammenheng antas det at hver unike likvariant representerer en unik type mikrobe. Community fingerprinting brukes av mikrobiologer som studerer en rekke mikrobielle systemer (f.eks. Marine, ferskvann, jord og menneskelige mikrobielle samfunn) for å måle biologisk mangfold eller spore endringer i samfunnets konstitusjon over tid. Operasjonen analyserer miljøprøver ved å analysere genomiske DNA. Dette for hånden tilbyr et alternativ til mikrobiell dyrking, noe som er viktig med den begrunnelse at de fleste mikrober ikke kan dyrkes i laboratoriet. Community fingerprinting gir ikke noe resultat når det gjelder identifisering av individuelle mikrobearter; snarere presenterer det et normalt bilde av et mikrobielt samfunn. Disse metodene erstattes nå normalt med sekvensering med høy gjennomstrømning, som vist ved målrettet mikrobiomundersøkelse (f.eks. 16s rRNA-sekvensering) og metagenomikk.

Bilde 139A | Det siste kvantifiseringstrinnet til COBRA, hvor DNA metyleringsnivåene til den opprinnelige inputprøven kan bestemmes ved å sammenligne og kvantifisere antall fordøyede og ufordøyede fragmenter. | Jujubix / CC BY-SA (https://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/legalcode) | Page URL : (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Cobra_quantification.svg) fra Wikimedia Commons

Forfatter : Milos Pawlowski

Referanser:

Molekylærbiologiteknikker I

Teknikker for molekylærbiologi II